行政團隊是醫療工作的幕僚後援部隊，舉凡資金、設備、資訊、採購、人力資源、安全維護、病人服務等皆為行政管理的重要環節。透過行政管理能增進醫護團隊的效益。
馬偕紀念醫院歷經幾任行政副院長優異的領導，才有今天豐碩的成果。第一任張錦文副院長，為醫院充實硬體及軟體設備，設立了培育人才的馬偕護理學校，並在淡水購地使得淡水分院有今日可再長期發展的機會。
第二任黃佳經副院長協助重建資金短缺的財務規畫，增加醫院收入以利累積更多的營運資源；積極任用醫管背景人才，也培育具有潛力的員工；並配合時代躍進的需要，打下馬偕資訊化的基礎。
第三任張文信副院長由醫院送至國外深造學習，接任之後，在總院新建平安樓、淡水分院馬偕樓之規劃及各項行政資訊工作之推動，奠定醫院非常重要之基礎。第四任王陽明副院長在靈性生命建造及各項事工的延續，頗有建樹。
第五任張文成副院長整合生理檢查科繁複的組織與流程，讓檢查服務品質與員工滿意度大幅提升；他也推展主管讀書會，經由討論與分享，幫助主管建立更豐富的學理基礎；並如宣教師推廣福音一般，張文成副院長導入平衡計分卡，清楚訂出醫院的使命與核心價值，藉由財務、顧客、流程、學習成長與社會承諾等五個構面，建構醫院的策略地圖。
平衡計分卡管理
本院自2001年導入平衡計分卡(BSC)，成為首家使用平衡計分卡管理工具的醫療院所。張文成副院長時任企劃室主任，在黃俊雄院長授權之下，組成「平衡計分卡全院推動小組」，跨層級、單位，由上而下的推動，將使命、願景、核心價值具體落實於院內同仁的工作內容中。
雖然當時已有許多管理工具可以協助提升醫院績效與品質，但馬偕紀念醫院身為教會醫院，提供民眾身心靈的全方位醫治，以病人為中心的醫療服務績效，如關懷弱勢族群的醫療服務成長等，屬於無形的資產，無法透過傳統的財務成果評估方式呈現出來。因此，馬偕紀念醫院的平衡計分卡除原先的「客戶構面」、「流程構面」、「學習與成長構面」、「財務構面」等四個構面之外，另外增加「社會承諾構面」，以此創新構面突顯醫院善盡社會責任及照顧弱勢族群的宗旨。
此外，當時國內醫療院所正面臨全民健保制度總額支付的衝擊，所有的醫療院所皆面臨兼顧醫療品質與成本的挑戰。平衡計分卡強調各構面穩定成長，總體績效一齊提升。
在五個構面相互平衡之下，馬偕紀念醫院提供病人更好的醫療水準與品質，吸引病人來醫院，醫院收入持續提升，再度投入改善病人就醫品質，如此形成一個善的循環，達到永續經營的目標。
導入平衡計分卡之後，醫院SCI論文數由2001年的88篇增加到251篇，符合醫院「成為生物醫學研究重鎮」願景的要求。同時，由於五個構面平衡發展，社會學術聲望提升，馬偕醫學院在2009年順利招生，錄取分數居全國11所醫學院之第六名（截至2015年已躍升為第四名）。
導入精實管理
2012年張文信副院長再次回院服務，接任第六任副院長之後，克服重重困難，在不影響營運下，整頓醫院設備老舊的困境，讓醫院環境迅速脫胎換骨，煥然一新；他也積極推動人才與主管培訓的工作，導入精實管理及領導力培訓，透過跨團隊合作，提升經濟效益與服務品質；另外，也導入雲端智慧決策支援系統，運用雲端管理工具，讓主管能透過跨單位的資訊共享，追蹤醫療管理重點指標，作出最好的對策，以提升醫院管理效率與成本效益。
面對經濟景氣不佳、健保給付嚴苛、照護人力標準提高、各類評鑑品質要求日增，台灣醫療院所在營運上，已有好長一段時日，處於醫療品質與醫療成本拉鋸之狀態。而本院在這樣的大環境之下，仍本著教會醫院醫療傳道、實踐社會承諾、堅持醫療品質的初衷，因而在營運上勢必面臨極大的考驗，極需積極尋求突破營運困境之改善方案。
為汲取外國醫療機構施行精實管理之成功經驗。並邀請新加坡精實管理專業團隊進行精實管理訓練課程，針對現階段醫院重要三議題：「手術作業」、「急診醫療」及「住院日控制」，組成「台北手術組」、「淡水手術組」、「台北急診組」、「淡水急診組」、「台北住院日管理組」及「淡水住院日管理組」，共6個團隊率先導入精實管理。
在這些先導團隊逐漸步上軌道的同時，也於2013年第二季至第四季進行第二波人員訓練，規劃醫技及行政團隊進行黃帶訓練，並遴選部分已具黃帶資格之同仁進行進階的綠帶訓練(Green Belt)，讓院內更多的同工逐步加入精實的行列，擴大精實管理在院內的應用範圍。
第二梯次主要為改善檢驗及檢查流程，亦有初步成效，以抽血檢驗為例，目前完成台北總院抽血空間之挪移擴大及抽血備管系統之建置，使原來擁擠之動線得以疏散分流。
透過「Lean Management」的導入，馬偕紀念醫院使病人體驗服務品質提升的同時，院內同仁也能感受作業成本降低及工作輕省的美妙，朝向「Lean Hospital」邁進。
建置雲端管理
馬偕紀念醫院自2013年起，發展「雲端決策支援系統」，日常業務資料分析單位及資訊室間團隊合作，進行系統性的學習，以創新的雲端商業智慧應用模式，提供醫院管理者可隨時、隨地及任何可攜式設備取得決策管理資訊。如占床與待床人數統計、劃刀前60分鐘內預防性抗生素使用管理等、員工健康檢查追蹤管理等，皆可藉由雲端管理提高決策效率。
藉由雲端科技之應用，資訊室也建置全方位醫師行動醫療系統，串連醫院資訊系統(HIS)及電子病歷系統 (EMR)，並整合院內各單位醫療資源，透過行動醫療開發團隊不斷研究創新，在最安全可靠的資訊系統下，建置出最全面且最完善的30項系統功能，協助醫師提供最即時完整病人資訊、提升巡房效率、改善醫病關係增進溝通成效。◎
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