★ 台北院區榮獲97年度預防接種及流感疫苗績優醫院(醫學中心第一名)。
★ 榮獲台北市衛生局「2009健康台北城—健康促進成果發表」婦女子宮頸癌防治、婦女乳癌防治績優獎勵醫療院所第一名。
★ 台北院區通過認證成為母嬰親善醫療院所。
★ 淡水分院通過「台北縣健康促進醫院」認證。
★ 本院獲選為家庭暴力暨性侵害被害人就醫保護優等醫院。
★ 護理部張德馨督導榮獲台灣教會醫療院所協會2009年創意海報發表第一名。
★ 遠距暨居家照顧服務中心榮獲台北市特優居家護理機構。
★ 榮獲98年度內政部年度捐血績優團體。
★ 淡水分院獲選為97年度照護病人安全表現優異之機構。
★ 家庭醫學科黃麗卿主任榮獲98年度杜聰明博士優秀論文獎。
★ 耳鼻喉科張靜文語言治療師通過教育部部定講師。
★ 整形外科張世幸醫師 通過教育部部定助理教授。
★ 腎臟內科林承叡醫師、家庭醫學科徐慶玶醫師、護理部徐愬美護理師通過教育部部定講師。
★ 贊助會義工獲頒台北市政府資深志工銀牌獎、內政部績優志工銀牌獎、銅牌獎。
★ 馬偕桌球社榮獲2009年第54屆總會議長盃全國桌球標賽冠軍。
★ 本院長期關懷獨居長者深受各界肯定，於「98年度台北市政府社會局重陽敬老系列活動—銀髮服務表揚大會」中，由台北市副市長李永萍頒發「獨居長者照顧服務」感謝狀。