莫拉克颱風造成全國「88水災」重創，台東縣也是嚴重的受災縣市，台東馬偕醫院在第一時間即派遣醫護人員，前進災區提供災民醫療救助的同時，亦發動全院員工捐款，獲得員工及病人家屬的熱烈響應，紛紛慷慨解囊，截至9月17日共有776人捐款，捐款總額約232萬元整，並在17日於一樓大廳舉行「88水災捐款感恩禮拜」，有來自各災區的教會牧師、長老約20人前來參加。
張冠宇院長說，看到滿目瘡痍，房屋倒塌，良田變河床的景況真正的體會災民的痛，雖然捐款金額不多，但都是馬偕500多名員工及社會善心人士的愛心，款項捐給「台灣基督長老教會台東區重建關懷站」，捐贈支票由東排中會議長葉素生牧師代表接受。
關懷站總幹事布卡牧師於禮拜中回顧關懷站的救災點滴，關懷站督導陳福春牧師報告短、中、長期的協助重建計畫，東部中會教社委員會常委劉世春牧師感謝台東馬偕醫院救災期間不論是物資的提供或人力的支援都給予大力的協助，讓災區民眾感受社會大眾的關懷，讓他們在重建的路上不寂寞，且更有勇氣走下去。
感恩禮拜中來自災區的李虎老先生特別用排灣族語表達他的謝意，他是四年前海棠颱風的受災戶，四年前的房屋損毀都還來不及修護，88水災又把它沖走了，瞬間讓他一無所有，他感謝馬偕醫院的捐助及關懷站這段時間的幫助，讓他在最困難的時候有大家愛心的關懷，也讓他更有勇氣的面對未來。