馬偕紀念醫院兼顧醫療服務、教學及研究三方面之發展，以提高醫療品質，
使來院就醫的病人皆能獲得身心靈全人之醫治。
醫學教育的傳承，除了專業的醫學知識之外，也強調通識教育與人性關懷的實踐，
並落實臨床技能的訓練，以提昇本院醫療水準，達成最佳之醫療服務。
本院設有「醫學教育委員會」，訂定醫療專業知識及技能之教育之方針，
由醫學教育部統籌辦理、協調、策劃有關醫學教育事宜。
醫學教育部亦負有院外教學責任，與多所醫學大學簽訂建教合作合約，
並接受醫學系五年級、六年級及七年級學生實習；
同時接受教學醫院、建教合作醫院及衛生福利部之指派，代訓偏遠地區之醫師，
亦接受國內外醫院派醫師到本院作短期或長期之進修。